O rio Mondego (maior rio inteiramente português) nasce na Serra da Estrela a 1425 metros de altitude, passa em Santo Varão e vai desaguar ao Oceano Atlântico junto à cidade da Figueira da Foz, após um percurso de 234 Km. Tem como afluentes o rio Dão (na margem direita) e os rios Alva, Ceira, Arunca e Pranto (na margem esquerda).
Próximo de Santo Varão o rio pode ser atravessado de uma margem para a outra, quer pela ponte de Pereira (a nordeste / montante) quer pela ponte de Formoselha (a sudoeste / jusante).
De ambas as pontes se pode observar um canal a céu aberto (“canal condutor geral”) destinado à rega dos campos do Mondego, à indústria (de celulose) e ao abastecimento público da cidade da Figueira da Foz.
Pode ainda observar-se a diferença entre o leito central e o leito periférico esquerdo, construídos durante as últimas obras de regularização fluvial do Baixo Mondego. O leito central estende-se por cerca de 36 Km e foi traçado ao longo do anterior leito do rio Mondego desde Coimbra a Santo Varão e a jusante da confluência do rio Foja. O leito periférico esquerdo tem uma extensão de cerca 11 Km junto à encosta do lado esquerdo de Santo Varão, englobando na troço final a Vala de Pereira / Santo Varão. O leito periférico direito tem uma extensão de 27 Km e um traçado quase coincidente com o antigo leito do rio Mondego (Vala do Norte e Rio Velho). Reúne-se com o leito central a sul de Montemor-o-Velho.
A montante da ponte de Formoselha (cerca da margem direita) avista-se ainda uma pequena estação elevatória de água (Estação elevatória de Santo Varão). Esta estrutura serviu para colocar água no canal enquanto não ficou concluída a sua construção a partir do Açude de Coimbra. Actualmente, apenas é utilizada quando há necessidade de fazer obras de reparação ou conservação a montante de Santo Varão.
Do ponto de vista natural, Santo Varão encontra-se condicionada pelo Mondego e pelas características aluviais dos seus campos. A fauna é típica das zonas ribeirinhas da Beira Litoral (garças, cegonhas, milhafres, patos, enguias, barbos, ruivacos, lampreias, etc.). Quanto à flora, em zonas frescas encontram-se lamigueiros, salgueiros, freixos, etc.